Głównym operatorem działań związanych z inicjatywą Innovate Poland jest Polski Fundusz Rozwoju (PFR), który angażuje kapitał publiczny i mobilizuje rynek do wspólnego działania. Program obejmuje inwestycje w Private Equity, Private Debt i Venture Capital.

 Za realizację programu Innovate PL FoF odpowiada spółka PFR Ventures, pełniąca rolę operatora funduszu funduszy (fund of funds). To właśnie w ramach tego mechanizmu PFR zaprasza do współpracy inwestorów instytucjonalnych, wspólnie budując ekosystem finansowania innowacji w Polsce.  

PFR SA zarządza aktywami o łącznej wartości ok. 24 mld zł, z czego istotna część jest przeznaczona na inwestycje wspierające innowacje i rozwój przedsiębiorstw w ramach programu Innovate Poland.